BioEmu
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Bioemu
紹介 :
BioEmuは、Microsoftが開発した、タンパク質の平衡系アンサンブルをシミュレートするための深層学習モデルです。生成型深層学習手法を用いることで、タンパク質構造サンプルを効率的に生成し、研究者がタンパク質の動的挙動と構造多様性をより深く理解するのに役立ちます。このモデルの主な利点は、拡張性と効率性が高く、複雑な生体分子系を処理できる点です。生化学、構造生物学、創薬などの分野の研究に適用でき、科学者にとってタンパク質の動的特性を探求するための強力なツールとなります。
ターゲットユーザー :
この製品は、生化学、構造生物学、創薬分野の研究者や科学者向けです。タンパク質の動的挙動と構造多様性を効率的にシミュレートする必要があるユーザーに強力なツールを提供し、研究プロセスの加速とより深い洞察の提供に役立ちます。
総訪問数: 502.6M
最も高い割合の地域: US(19.34%)
ウェブサイト閲覧数 : 45.0K
使用シナリオ
研究者はBioEmuを使用して、タンパク質の折り畳み過程の研究に用いるタンパク質構造サンプルを迅速に生成できます。
創薬研究者は、このモデルによって生成されたタンパク質アンサンブルを利用して、潜在的な薬物結合部位を探求できます。
教育者はBioEmuを教育に利用し、学生がタンパク質の動的構造の概念を理解するのに役立てることができます。
製品特徴
深層学習を用いてタンパク質構造サンプルを生成する
拡張可能なタンパク質平衡系アンサンブルシミュレーションに対応する
効率的な構造サンプリング能力を提供し、長鎖タンパク質にも適用可能
側鎖再構築と分子動力学緩和との統合に対応する
事前学習済みモデルウェイトを提供し、ユーザーが迅速に開始できるようにする
Hugging Faceからモデルパラメータをダウンロードでき、展開プロセスを簡素化する
詳細なサンプリング時間とパフォーマンスデータを提供し、ユーザーが使用を最適化できるようにする
使用チュートリアル
1. BioEmuリポジトリをクローンし、setup.shスクリプトを実行して、すべての依存関係を含むConda環境を作成します。
2. sample.pyスクリプトを使用して、タンパク質配列とサンプリング数を指定することで、構造サンプルを生成します。
3. 必要に応じて、setup_sidechain_relax.shを使用して側鎖再構築とMD緩和ツールをインストールします。
4. bioemu.sidechain_relaxモジュールを使用して、生成された構造に対して側鎖再構築とMD緩和を実行します。
5. 生成された構造サンプルを分析し、他のツールと組み合わせて、さらなる研究やアプリケーションを行います。
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