BioEmu
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Bioemu
簡介 :
BioEmu 是微軟開發的一種深度學習模型,用於模擬蛋白質的平衡系綜。該技術通過生成式深度學習方法,能夠高效地生成蛋白質的結構樣本,幫助研究人員更好地理解蛋白質的動態行為和結構多樣性。該模型的主要優點在於其可擴展性和高效性,能夠處理複雜的生物分子系統。它適用於生物化學、結構生物學和藥物設計等領域的研究,為科學家提供了一種強大的工具來探索蛋白質的動態特性。
需求人群 :
該產品適用於生物化學、結構生物學和藥物設計領域的研究人員和科學家。它為那些需要高效模擬蛋白質動態行為和結構多樣性的用戶提供了一種強大的工具,能夠加速研究進程並提供更深入的見解。
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使用場景
研究人員可以使用 BioEmu 快速生成蛋白質結構樣本,用於研究蛋白質摺疊過程。
藥物設計人員可以利用該模型生成的蛋白質系綜,探索潛在的藥物結合位點。
教育工作者可以將 BioEmu 用於教學,幫助學生理解蛋白質動態結構的概念。
產品特色
通過深度學習生成蛋白質的結構樣本
支持可擴展的蛋白質平衡系綜模擬
提供高效的結構採樣能力,適用於長序列蛋白質
支持與側鏈重建和分子動力學鬆弛的集成
提供預訓練模型權重,方便用戶快速上手
支持通過 Hugging Face 下載模型參數,簡化部署流程
提供詳細的採樣時間和性能數據,幫助用戶優化使用
使用教程
1. 克隆 BioEmu 倉庫並運行 setup.sh 腳本,創建包含所有依賴項的 Conda 環境。
2. 使用 sample.py 腳本,通過指定蛋白質序列和採樣數量,生成結構樣本。
3. 如果需要,可以通過 setup_sidechain_relax.sh 安裝側鏈重建和 MD 鬆弛工具。
4. 使用 bioemu.sidechain_relax 模塊對生成的結構進行側鏈重建和 MD 鬆弛。
5. 分析生成的結構樣本,結合其他工具進行進一步的研究或應用。
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