

CHIEF
簡介 :
CHIEF(Clinical Histopathology Imaging Evaluation Foundation)模型是一個用於癌症診斷和預後預測的病理學基礎模型。它通過兩種互補的預訓練方法提取病理學成像特徵,包括無監督預訓練用於識別瓦片級別特徵和弱監督預訓練用於識別整個幻燈片的模式。CHIEF模型使用60,530個全幻燈片圖像(WSIs)開發,覆蓋19個不同的解剖部位,通過預訓練在44TB的高分辨率病理學成像數據集上,提取對癌症細胞檢測、腫瘤起源識別、分子檔案表徵和預後預測有用的微觀表示。CHIEF模型在來自24個國際醫院和隊列的32個獨立幻燈片集上的19,491個全幻燈片圖像上進行了驗證,整體性能超過最先進的深度學習方法高達36.1%,顯示出其能夠解決不同人群樣本和不同幻燈片製備方法中觀察到的領域偏移問題。CHIEF為癌症患者的高效數字病理學評估提供了一個可泛化的基礎。
需求人群 :
CHIEF模型的目標受眾是病理學家、癌症研究人員和醫療數據分析專家。病理學家可以利用CHIEF模型進行更準確的癌症診斷和預後評估,研究人員可以使用它來探索癌症的分子機制,而醫療數據分析專家可以利用該模型處理和分析大量的病理學數據。
使用場景
病理學家使用CHIEF模型對患者的腫瘤樣本進行分析,以確定癌症的起源和預後。
研究人員使用CHIEF模型在大規模的病理學數據集上訓練和驗證新的癌症診斷方法。
醫療數據分析專家使用CHIEF模型來識別不同癌症樣本中的共同和獨特的病理學特徵。
產品特色
癌症細胞檢測:識別癌症細胞和正常細胞。
腫瘤起源識別:確定腫瘤的起源部位。
分子檔案表徵:分析腫瘤的分子特徵。
預後預測:預測癌症患者的預後。
瓦片級別特徵提取:無監督預訓練用於識別瓦片級別特徵。
全幻燈片模式識別:弱監督預訓練用於識別整個幻燈片的模式。
多解剖部位適用:覆蓋19個不同的解剖部位的病理學成像評估。
高分辨率病理學成像數據集:在44TB的高分辨率數據集上進行預訓練。
使用教程
1. 安裝必要的軟件環境,包括Linux操作系統、NVIDIA GPU和Python環境。
2. 克隆CHIEF模型的代碼庫到本地環境。
3. 根據CHIEF模型的安裝指南,安裝所需的依賴庫和工具。
4. 下載並安裝CHIEF模型的預訓練權重。
5. 使用CHIEF模型對病理學圖像進行特徵提取,包括瓦片級別和全幻燈片級別特徵。
6. 根據具體的臨床應用,如癌症細胞檢測或腫瘤起源識別,對提取的特徵進行進一步的分析和處理。
7. 可以對CHIEF模型進行微調,以適應特定的病理學數據集和臨床任務。
8. 評估CHIEF模型的性能,通過與現有方法的比較,驗證其在病理學圖像分析中的有效性和準確性。
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